《穿越西元3000后》讲述的是一位生活在西元2011年的少女叶冰瑶在一次学校露营时，好友卫小桔发现一个山洞中好像闪出丝丝绿光便准备去看看，但找不到男生陪同前去，叶冰瑶决定两人前去。
在到了山洞后，发现有什么转动起来了，叶冰瑶在卫小桔的尖叫中失去了意识。醒来时发现自己掉在了一个未知的地方，当即意识到自己穿越了，面前还有一位面无表情手拿着枪的神秘帅哥！
神秘人（葳斯基）将叶冰瑶当成了火星来的人形机器人，并叫属下控制她的行动，叶冰瑶在机器手中再一次失去了意识。
当她又一次醒来时，发现自己已被控制，而那位神秘帅哥正拿着电锯，准备将她的皮肤割开，以证明她是机器人。就在这时，一个很温和的博士（离博士）出现了，以要调查人为由，叫葳斯基不要贸然行动，叶冰瑶的命总算保下来了。一场跨越千年的爱恋，关于西元3000后的故事就此展开……