达尔文日记
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达尔文日记动画
然而，正在达尔文的学说被开始流行时，有种叫做大海雀的物种却消失了，消失的原因是人类的大量捕食。同样，物种灭绝的现象，在达尔文的航行日记中也有记载。对于这些物种灭绝现象，达尔文没有进行过多的科学探讨，他似乎予以选择性忽略，达尔文的漫不经意，或者说不够科学的态度，却隐藏了一个天大的意外：除了进化论，物种的灭绝还有更加残酷的原因。
爱德华多-桑帕约确信，如果查尔斯-达尔文有机会探索佛得角群岛的水下世界，他会欣喜若狂。物种丰富的景观会给达尔文留下深刻的印象，由于缺乏潜水设备，他在其著名的日记《比格尔号航行》中把这些岛屿描述为非常贫瘠。
1838年9月，达尔文从马尔萨斯的《人口论》中获得灵感，并开始着手创建自然选择的学说，这期间他先后写出了《考察日记》、《南美洲地质考察》等著作，但都没有涉及到进化论。达尔文为了验证自然选择学说的正确与否，在这个期间进行了大量实验，所以并没有急着发文章。1839年，达尔文已经有了“物种起源”的理论思考了。但他在1842年才把这个理论记录下来，最开始写了一本长达35页的简略概要。
达尔文本人曾经说过:"我一生中主要的乐趣和唯一的事业，是我的科学著作英国博物学研究生。还有一些在旅行中直接考察得到的最重要的科学成果。"比如达尔文本人所写的著名的《考察日记》和《贝格尔号地质学》、《贝格尔号的动物学》等。在他的著作中，具有特别重大历史意义的是《物种起源》，表明达尔文的进化论思想和自然选择理论的逐步发展过程。
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