洛克人苏醒的布鲁斯观看

然而洛克人在哥萨克博士的帮助下很快就打败了威利机器人们，并且在攻入暗黑城后找到了暗黑人。尽管威利博士制作的暗黑人Ⅳ在一开始依靠着强大攻击力重创了洛克人，但是真正的布鲁斯却在危急关头忽然出现并且帮助洛克人打败了暗黑人Ⅳ，最后威利博士不得已在暗黑人系列全灭之后亲自出手对付洛克人。但是威利博士虽然连续使用威利压缩机以及威利**等兵器袭击了洛克人，但还是难逃被洛克人打败的命运。在被洛克人打败之后威利博士立刻就试图逃走，结果却不小心跑到了**莱特博士的房间。就在这时威利城堡的自毁系统忽然启动，而威利博士则趁着洛克人支撑坍塌的城堡之际逃出了城堡并且扬长而去。

Ⅳ变形成布鲁斯的外形带着威利机器人攻占了各处的要地，藉此让世人误认为布鲁斯试图要征服世界。同时威利博士也命令变形成布鲁斯外形的暗黑人攻入莱特研究所绑架莱特博士，使得洛克人在捡到暗黑人留下的围巾后也开始怀疑这是布鲁斯的犯行。在此期间因为前几次的作战失败导致资金见底的关系，威利博士也为了获取经费而想出了各种赚取资金的作战。

威利博士想出了绑架莱特博士并且诬陷布鲁斯的作战计划，趁着洛克人离开莱特研究所前往哥萨克研究所获取新支援机比特的空档，威利博士指示自己制作的

在洛克人等人夺回机器后，威利趁着洛克人病发夺走了机器并且回到了威利城，并且以疫苗威胁全世界的机器人听从自己的命令。但是洛克人在使用了萝露私藏的抗体之后治愈了机器人流感，并且与布鲁斯和因为被骗而决定教训威利的佛鲁迪一起攻入了威利城，在众人攻入位在太空的威利城高塔顶端时，威利博士驾驶着威利**和众人展开了最终战，最终威利不但败在了众人的攻势下，还因为太空太冷而患上了重感冒，最终威利博士被洛克人救回地球并送到医院，为了不欠洛克人人情，最终威利在留下大量抗体后逃离了医院。

然而洛克人在布鲁斯的帮助下顺利的来到了威利博士的所在地，并且打败了威利机器。战败的威利博士努力逃出了威利塔，并且搭乘着幽浮逃回了未来。