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在那个时间线里，小圆和沙耶香早在小焰转学来之前就遇见了巴麻美和丘比，并变成了魔法少女。然而，在这个世界中，为了对抗强大的魔女「魔女之夜」，小圆不幸战死。对此悲痛欲绝的小焰，瞬间明白众人都被丘比所骗，于是向丘比许愿成为魔法少女，愿望是回到她与小圆认识的时候，并且不再依靠小圆，而是反过来守护小圆。于是，小圆成为了能操控时空的魔法少女。

随后，小圆和沙耶香受邀来到黄发女孩的住处。黄发女孩名叫巴麻美，那只白色生物名叫丘比。巴麻美和丘比向两人诉说了真相：丘比是宇宙中的精灵，它会选中一些女孩子与它签下契约、成为魔法少女，而成为魔法少女的人可以获得实现任意一个愿望的机会，但代价就是要作为魔法少女与**势力斗争。所有与丘比签下契约的魔法少女都会获得一个灵魂宝石，既作为变身工具，也作为签下契约的证明。

这一愿望之所以伟大，是因为这等同于改变了所有魔法少女最终都会走向绝望的命运。「魔女之夜」被消灭，而小圆则穿梭于过去、现在、未来的世界各地，在那些本该变成魔女的魔法少女绝望前回收了她们的灵魂宝石。而由于这个宇宙中不再存在魔女，从前因魔女而死的魔法少女和普通人也将因为失去了死亡原因而复活。沙耶香、巴麻美、杏子，她们都因此而安然无恙地复活！

此刻，丘比还在诱导小圆和沙耶香与自己签订契约、成为魔法少女。但在看到成为魔法少女付出的代价如此骇人后，陷入极度悲伤和恐惧中的两人都犹豫了。而这也是小焰在开始时警告小圆的目的：她不想让她也成为可能丧失一切的魔法少女，她美好的生活无法承担这些代价。然而，小圆并不理解为什么小焰一定要阻止自己而不是别人。

然而，「魔女之夜」太过强大，小焰完全不敌，并险些战死。而这时，小圆挺身而出，决定拯救小焰。她虽然在此之前没有变成魔法少女，但却在一次次冒险和历练中领悟到了责任与羁绊的含义。她决定违背小焰的意志，向丘比许愿成为魔法少女。而她的愿望，堪称人类作为魔法少女最伟大的愿望：